O JDK 6.0 é bem mais rápido e menos bugado que o 5.0. Ele tem um monte de otimizações que não foram incluídas no JDK 5.0 (que é bem velhinho, por sinal - deve ter uns 4 anos mais ou menos.
Lembro do lançamento do JDK 5.0 (Tiger) quando fui ao JavaOne 2004 e vi o Jonathan Schwartz segurando um filhote de tigre. - até que ele está durando, para ser um CEO de empresa grande )
Quanto à versão do JBoss, eu preferiria usar no seu lugar o Glassfish, que é mais fácil de operar É pena que o Glassfish seja um pouco mais pesado que o JBoss.