Onde morava, trabalhava e estudava o que era mais usado era o MySQL Front:
vantagens: leve e interface simples.
desvantages: não é free, trava com uma certa frequencia, pega uma tabela que tem muito muitos dados, manda ordenar, depois trocar a ordem novamente.
Ele trava ao fazer isso rsrsrrs, pelo menos na versão: 4.2 (Build 2.24)
o que a galera falou, MySQL Workbench, é muito bacana e free.
O que eu mais gosto é esse:
SQL Manager Lite for MySQL
porém é uma versão free que encontrei e tem limitação de números de bancos registrados. Fora isso é o que mais gostei, achei muito completo.
Gostaria até de adquirir uma versão full para testar.