Bom, para criptografia eu recomendo a BouncyCastle - http://www.bouncycastle.org , e para assuntos gerais uma boa parte das bibliotecas do Jakarta Apache - http://jakarta.apache.org .
Dê sua dica também!
Log4J para logging.
PircBot para acessar protocolo de IRC
poi para fazer conversão para excel
XStream para serialização de objetos em xml
Digester para a leitura de alguns xml