Olha billboard, nao sei se tem jeito de fazer o que vc quer… mas ja trabalhei com algo bem parecido, so que o JDOM gerava um banco de dados XML, e tooodo o documento estava numa linha so, como o seu exemplo.
Isso nao é problema pra outros programas que leram seu arquivo XML.
Mas se vc quiser exibir o codigo em HTML, tente acrescentar ao fim , no caso de JavaScript da certo, nao custa tentar.