Cara é bem simples…você vai usar a classe Criteria.
Criteria.getCriteria = HibernateUtility.getCriteria();
//select * from filial where idativo = 'S'
criteria.add(Restrictions.eq("idativo","S");
List<Classe> listClasse = criteria.list();
Simples não!
Dá pra vc se aprofundar mais, pra trazer campos específicos ou count, você vai ter que adicionar o Projections…
Dá uma estudada, pergunta pro Sr. Google que ele lhe dará a resposta.
Bom eu já to calejado no hibernate, então se tiver alguma dúvida é só falar.