Cara, para sua equipe trabalhar em um mesmo projeto o correto é você utilizar um CVS
Dê uma lida: http://pt.wikipedia.org/wiki/CVS
vc tem q ter um servidor svn, e a partir daí acertar suas versões, etc.
tortoise é um exemplo free
procure aki no forum por csv ou svn, q vai ajudar a responder sua duvida
vlws
alguem saberia como usar o eclipse em rede?
para que eu e meu colega usar o mesmo projeto ao mesmo tempo?
abracos