raikkonen,
Uma das vantagens em estar migrando para o Hibernate Annotations é que você deixará de estar criando os mapeamentos na mão. O próprio Annotations faz isso pra você.
Uma desvantagem é que ele não está “fechado”. Ou seja, tem muita coisa de banco de dados que ele ainda não dá suporte (não me recordo ao certo, mas eu acho que ele não suporta, ainda, o many-to-one - não me recordo).
Como cada caso é um caso, você deveria pesquisar e analisar se é vantagem, para o seu projeto, estar utilizando o Annotations ou não.
Nada como uma boa pesquisa na internet.
Abraços.
