Olá,
Isso é complicado, proque é específico do filesystem.
Em filesystem UNIX, tradicionalmente os sistemas de arquivo não permitem atributos, então é utilizado um ponto inicial, por exemplo
[pcalcado@riolinuxdev1 pcalcado]$ ls -a
.
..
FilterBean.java
ant_setup
%backup%~
.bash_history
.bash_logout
.bash_profile
.bashrc
.bashrc~
#.bashrc#
Os arquivos iniciados com ponto são ocultos.
Em sistemas Windows os arquivos possuem um atributo indicando se são ocultos ou não.
Resposta:tente não depender disso, se depender, vait er que descobrir o SO e fazer o que for específico de cada 
Shoes
Bom, se você quer REALMENTE esconder um arquivo no Windows (tal como aqueles famosos spywares e malwares), aí dá um pouco mais de trabalho.
Você precisa de ter as permissões corretas (nada que um root toolkit não resolva, se o usuário não estiver logado como administrador), e chamar as APIs corretas (nada que uma visita ao site www.sysinternals.com não resolva 
)
Bom dia, pessoal…
Como posso fazer para que um arquivo ou pasta fique oculto?
Tentei dar uma olhada em FilePermission, mas pelo que eu entendi essa classe só monitora acessos de leitura e escrita…
Enfim, gostaria de algumas dicas de como ocultar arquivos…
Agradeço desde já qq ajuda…
eh…
eh exatamente isso que vc disse kra…
Eu conheço, via atributo, como ocultar no win… No Unix, um colega meu sabe…
Mas esse é o problema… Não é a melhor maneira…
Mas foi a única solução que eu encontrei…
Mas não perderei a fé 
Continuarei procurando…
Obrigado pela ajuda…
errr…
thingol, acho que não entendi o que vc quis dizer…
E não entendi tb pq vc me passou akele site…
Outra coisa: o root toolkit que vc falou seria:
Toolkit.getDefaultToolkit() ???
A que permissões vc se refere???
