java_coffe,
fiz um teste loco aqui, dentro de um html, usando um script jsp e consegui fazer um JFrame aparecer.
Quando eu entro na página, a tela aparece junto.
<%
JFrame frame = new JFrame("Teste");
frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
frame.setSize(300, 250);
frame.setResizable(true);
frame.setVisible(true);
frame.setAlwaysOnTop(true);
%>
isso tudo tá dentro de uma página.
Não sei se é isso que vc quer.