Estranho…
Eu desenvolvo usando o Eclipse uma aplicação 100% linux, porém, desenvolvo 50% em windows. O meu programa funciona 100% (falando do layout das telas) tanto num sistema quanto no outro.
Que layout manager você está usado?
Eu usei o BoxLayout, GridLayout, GridBagLayout, BorderLayout e o FlowLayout todos sem nenhum problema (esse 5 são os default do java, eu axo, :oops: );
Xeguei a fazer uma telinha utilizado o FormLayout, do pacote do Jgoodies, também funcionou 100%.
Mas posta ae e vamos dar uma pensada nisso.
VELO