Primeiramente, eu não posso mudar a assinatura do método por motivos de especificação. A string diretórioEntrada deve conter o diretório absoluto do arquivo passado ao objeto [color=red]file[/color]. Já tentei descobrir um método que retorne onde o arquivo estava, mas não achei. 
Preciso recuperar este diretório a partir desde ponto, pois ele é dado na Main. Alguém vê uma solução para o meu problema? 
public void loadJSGF(Reader file) throws IOException{
String aux;
String diretorioEntrada="";
String diretorioSaida="não importa";
diretorioEntrada = file.xxxx.yyyy; //aqui seria algo parecido com isso
aux = Conversor.Converter(diretorioEntrada, diretorioSaida);
callMkdfapl(diretorioSaida+aux);
enableGrammar(diretorioSaida,aux);
}
}