Bom dia,
Estou querendo fazer um upload de um arquivo para dentro da estrutura do Jar já compilado, exemplo
Estou rodando o programa e quero realizar o upload de uma imagem, ao invés de deixar ela no local especificado quero realizar o upload dela para dentro do meu Jar em uma pasta especifica.
Alguém já fez isso ou tem alguma coisa parecida?
Não entendi muito bem sua dúvida!
você deseja colocar uma imagem em um pacote de código fonte, para quando criar o JAR a imagem fique dentro dele?
A resposta direta, mas que não resolve seu problema, é “considere que o seu JAR é imutável e que somente o processo de compilação consegue modificá-lo”.
O que você deve fazer é incluir algum diretório (onde você possa fazer o upload do tal arquivo) no CLASSPATH da sua aplicação.
Isso porque sua aplicação irá procurar nesse diretório também, não só dentro do JAR.
De qualquer maneira, isso é uma falha gravíssima de segurança, já que você pode fazer upload de código qualquer (não somente de imagens). Imagine se você faz um upload de uma classe que rouba suas senhas e bagunça o banco de dados 
Tanto é que o diretório WEB-INF normalmente é protegido justamente por esse motivo (por motivos de segurança). Imagine se alguém consegue ler o seu .jar