Como deve ser a sintaxe no arquivo manifest.mf para referenciar os jar que estão na pasta lib no jar da miha aplicação
numa estrutura semelhante a esta:
MinhaAplicacao.jar
pacotes
lib
META-INF
arquivos.properties
como referenciar os jar que estão na pasta lib, se colocar Class-Path outro.jar , ele procurar no diretorio onde está meu jar (MinhaAplicacao.jar) e não dentro do meu jar…
esse é um exemplo do manifest gerado pelo netbeans 
note que ele separa os jars por espaço na linha Class-Path
Manifest-Version: 1.0
Ant-Version: Apache Ant 1.6.5
Created-By: 1.5.0_04-b05 (Sun Microsystems Inc.)
Main-Class: org.teste.application.Form1
Class-Path: lib/swing-layout-1.0.jar lib/postgresql-8.1-404.jdbc3.jar
X-COMMENT: Main-Class will be added automatically by build
realmente vi que ele procura na mesmaa pasta do jar foi entao que li isso ainda to atras tambem de uma solucao mais automatica :P.
To distribute this project, zip up the dist folder (including the lib folder)
and distribute the ZIP file.
[/b]
espero ter ajudado…