A camada de controle chama a de persistência (domain model). Nessa última acontece um corpotamento estranho que ainda não identifiquei, só que ao invés de explodir um erro ela volta para a camada de controle desde o início do método. DESDE O INÍCIO DO MÉTODO. Pessoal, vocês vão achar loucura mas não é. E devido a isso, as informações estão sendo duplicadas no banco. Não sei o que fazer. Estou usando EJB3 e Oracle Application Server.
Você procurou fazer um teste com um outro servidor java EE 5 certificado que suporte EJB 3, como o glassfish por exemplo para ver se o problema persiste?