Cara, você pode trabalhar com os laços aí. Coloque o programa para retornar para a classe principal sempre que ele finaliza a operação. Para que você termine o programa, coloque um condicional que terminará o programa.
public static void main(String args[]) {
while(true){
//Lógica do seu programa
System.out.print("Digite um número: ");
Scanner s = new Scanner(System.in);
int numero = s.nextInt();
System.out.println("Você digitou: " + numero);
//Verifica se o usuário quer sair
System.out.println("Deseja sair? s/n");
String sair = s.next();
if (sair.equalsIgnoreCase("s")){
System.exit(0);
}
}
}