Relação entre Objetos sem Variáveis de Referência e o Garbage Collector

public static void main(String[] args) {
     new FrameDeExemplo().setVisible(true);
}
public static void main(String[] args) {
     FrameDeExemplo janela = new FrameDeExemplo();
     janela.setVisible(true);
}

Digamos que FrameDeExemplo é uma classe que estende JFrame. Ao instanciá-la, se não for atribuída uma referência do objeto à uma variável, poderá haver alguma dificuldade para que o GC a gerencie? Seria uma má prática?

Não existe dificuldade e não é má prática.

Quando você inicializar a janela, uma referência será criada na Thread do Swing.