Voce tem certeza que as alteracoes foram gravadas no arquivo antes que voce tente recarregar ele?
Internamente o Properties usa um hashtable para guardar os valores… se vc olhar o codigo fonte da classe, vera que ele simplesmetne da um put(key, value) , ou seja, nao verifica por dados ja existentes.
Voce tambem pode verificar isso fazendo um testezinho simples ( crie um properties, de um load, jogue o valor na tela, entao de o load em outro arquivo e jogue o valor na tela… )
Provavelmetne o erro ta em alguma outra parte do teu codigo, pois um load() recarrega os dados.