Você quer remover <item> e as tags <tag1>, <tag2> e outras coisas que ficam sob <item> ? Se for isso basta você usar DOM mesmo. Se você só quer remover <item> mas deixar as coisas que estão sob ele, dá um pouco mais de trabalho, mas dá para fazer também.
Bom acho melhor vc trabalhar com uma biblioteca mesmo é muito mais facil e pratico. Existe a www.jdom.org/ na qual tenho trabalhado bastate eu recomendo com certeza