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Não entendi direito o que quer.
Se a lista de notas está vazia, você a cria e preenche, certo?
Se ela for menor ou maior que a lista de matrículas, bastaria limpá-la (invocar o método clear()), não?

Não entendi direito o que quer.
Se a lista de notas está vazia, você a cria e preenche, certo?
Se ela for menor ou maior que a lista de matrículas, bastaria limpá-la (invocar o método clear()), não?
E, detalhe, este tipo de problema não se adequa bem com list.
Seria mais interessante usar algo como map…

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O problema é o que eu te disse.
Se você tem duas listas distintas, quando adicionar um à primeira, obrigatoriamente, terá de inserir na segunda. Mesmo que seja null.
Agora, se você utilizasse um mapa, poderia tratar a matrícula como chave e a nota como valor. Isso simplificaria novas adições (suponho que quem não foi avaliado tem nota zero).

Se houver realmente a necessidade das listas separadas eu concordo com o que o drsmachado disse.

Mas pelo cenário que vc descreve acredito que a melhor solucao seria fazer a nota ser uma propriedade do objeto Aluno. Assim as notas e as matrículas estariam relacionadas.

Tratar essas informações como listas separadas não dá nenhuma garantia de que as notas e as matriculas sejam correspondentes.

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