Repetição de páginas

Olá, tenho três páginas em html/php e estou utilizando bootstrap para desenvolver o frontend. Também tenho um arquivo chamado header.php. Gostaria de chamar esse header nas demais páginas. Quando dou um include na pagina 2, por exemplo, o header é carregado perfeitamente, porém, os links não funcionam mais e no navbar-toggle os itens não aparecem quando utilizo o site em um dipositivo móvel. já na página index.php funciona tudo perfeitamente. Abaixo adiciono o codigo do arquivo header.php.

<!DOCTYPE html>
<html>
    <head>
        <title>CoSMo</title>
        <meta charset="utf-8">

    <!--Defne o viewport-->
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">

    <!--Adicionca o CSS do Bootstrap-->
    <link href="css/bootstrap.css" rel="stylesheet" media="screen">

    <!--Adicionca o CSS do Bootstrap-->
    <link href="css/styles.css" rel="stylesheet" media="screen">

</head>

<body>
    <nav class="navbar navbar-inverse">
        <div class="container-fluid">
            <!-- Brand and toggle get grouped for better mobile display -->
            <div class="navbar-header">
                <button type="button" class="navbar-toggle collapsed" data-toggle="collapse" data-target="#bs-example-navbar-collapse-1" aria-expanded="false">
                    <span class="sr-only">Toggle navigation</span>
                    <span class="icon-bar"></span>
                    <span class="icon-bar"></span>
                    <span class="icon-bar"></span>
                </button>
                <a class="navbar-brand" href="#">CoSMo</a>
            </div>

            <!-- Collect the nav links, forms, and other content for toggling -->
            <div class="collapse navbar-collapse" id="bs-example-navbar-collapse-1">
                <ul class="nav navbar-nav navbar-left">
                    <li><a href="system.php">Home</a></li>
                    <li><a href="#">Contact</a></li>
                </ul>
                <ul class="nav navbar-nav navbar-right">
                    <li><a href="logoff.php"><span class="glyphicon glyphicon-user"></span> Sign Up</a></li>
                </ul>
            </div><!-- /.navbar-collapse -->
        </div><!-- /.container-fluid -->
    </nav>
    <!--Java script-->
    <script src="js/jquery-3.1.1.min.js"></script>
    <script src="js/bootstrap.js"></script>
 </body>
 </html>

Você disse “Quando dou um include na pagina 2, por exemplo, o header é carregado perfeitamente, porém, os links não funcionam mais”.

Mostra alguma mensagem de erro? Qual?
As suas outras páginas estão na raiz ou em subpastas? E o header.php onde ele ele está?

Não aparece nenhum erro. O header.php esta no raiz, porém as demais paginas estão em outro diretorio.

index.php
header.php
paginas/
----pag1.php
----pag2.php

Ah Spider, ai é que está o problema, se você adicionar o header.php nas páginas do outro diretório, os links não funcionaram porque ele buscará o LINK na mesma pasta (Na subpasta) onde você o adicionou, entendeu?..Os arquivos dos seus links estão na Raiz…

Para resolver isso você tem que colocar outra header.php dentro da pasta onde seus 2 arquivos estão, caso queira utilizar o INCLUDE, se não quiser usar o INCLUDE, você pode copiar e colar o código do header,php nas duas páginas e voltar um diretório para acessar os links, porém essa prática não é tão boa se você tiver mais arquivos dentro dessa subpasta, porque vai ter que alterar em todos os outros caso precise mudar ou adiciona um link

Exemplo: Você vai adicionar …/ antes do nome do arquivo, isso indica que você vai buscar a página logoff.php um diretório antes do atual, ou seja, na raiz no seu caso.

href="…/logoff.php"