Resolução de equação obedecendo ordem de parenteses

package interdisciplinar;

import javax.swing.JOptionPane;

public class CalculadoraLogica {

    public String getEquacao() {
        return equacao;
    }

    public void setEquacao(String equacao) {
        this.equacao = equacao;
        this.tamanho = equacao.length();
    }

    public int getTamanho() {
        return tamanho;
    }
    private String equacao;
    private int tamanho;
    private String abreP;
    private String fechaP;

    public boolean valida() {
        char c;
        int a = 0;
        String abre = "";
        String fecha = "";
        boolean resultado;

        System.out.println("eq " + equacao);
        for (int i = 0; i < tamanho; i++) {//percorre a string verificando se todos os parenteses abertos sao fechados
            c = equacao.charAt(i);
            if (c == 40) {
                a += 1;
                abre += i + ",";
            }
            if (c == 41) {
                a -= 1;
                fecha += i + ",";
            }
            System.out.println("a= " + a + "   c= " + c);

        }


        if (a == 0) {
            resultado = true;//se a=0 os parenteses estao corretos se nao... ta errado
        } else {
            resultado = false;
        }
        System.out.println("abre: " + abre);
        abreP = abre;
        System.out.println("fech: " + fecha);
        fechaP = fecha;

        return resultado;
    }

    public String montaEq() {// aqui mora a duvida, nao consigo montar uma pilha com os itens a serem resolvidos na ordem
        String a = "";
        Pilha p = new Pilha(equacao.length());

        for (int i = 0; i < equacao.length(); i++) {

            while (equacao.charAt(i) != 40 || equacao.charAt(i) != 41) {
                a += equacao.charAt(i);
                i++;
            }
            p.empilhar(a);
            a = "";

        }


        System.out.println("monta: " + a);
        return a;
    }

    static public void main(String args[]) {

        CalculadoraLogica calc = new CalculadoraLogica();

        do {
            calc.setEquacao(JOptionPane.showInputDialog("equação"));
            if (!calc.valida()) {
                JOptionPane.showMessageDialog(null, "erro de formatação");
            }
        } while (!calc.valida());
        calc.montaEq();

    }
}