Já pensou que no .jar não existe o diretório src? Já abriu um arquivo .jar para ver o que tem dentro? Basta renomear o arquivo .jar para .zip e pegar um programa qualquer, como um WinZip, para olhar o que tem dentro dele.
E de qualquer forma, mesmo que você embutisse o arquivo dentro do .jar, você teria outro problema - o Word e o Notepad não conseguem pegar dados dentro de um jar.
Seu programa não está errado “por si só” - mas você precisa entender qual é o conceito de “diretório corrente” que é um conceito do sistema operacional (Windows, Linux etc.), não é um conceito do Java.
De alguma forma, você precisa passar o caminho completo do arquivo. Não se esqueça que, se houver espaços no nome do arquivo ou do diretório, você precisa cercar o nome entre aspas duplas.
Para chamar o Word para ler um arquivo que está dentro do JAR, você precisa copiar o arquivo que está dentro do JAR para um arquivo em disco que esteja em um diretório acessível pelo Word.