Refiz vários programas que antes utilizei drag and drop completamente a mão para “familiarizar” a programar “no braço” e com o tempo, notei que existe uma diferença no tamanho.
Por que isto ocorre?
Provavelmente isso acontece porque o GUI Designer que você usou não consegue ser mais eficiente que você. Código gerado automaticamente tende a ser mais grande e lento, porque é feito de forma genérica.
Faça o teste, escreva uma tela na mão e gere outra pelo netBeans, então repare a quantidade de lixo que ele gera para deixar os componentes do modo que voce quer.
Nada que um bom MigLayout não resolva 