Imagino eu que na tabela de produtoempresa o cod_produto e cod_empresa sejam o seus relacionamentos entre as tabelas
select prod.nome, prodemp.preco from produto prod, produtoEmpresa prodemp where prod.id = prodemp.cod_produto and prodemp.cod_empresa in (select id from empresa where cod_atividade = 1)
SELECT DISTINCT p.* FROM produtoEmpresa pe
INNER JOIN Produto p ON pe.cod_Produto = p.id
INNER JOIN Empresa e ON pe.cod_Empresa = e.id AND e.cod_Atividade = 1
Agora é testar o que roda mais rápido no seu banco.