Galera quando eu dou m clean no meu projeto ele usa o output folder e joga os arquivos do flex dentro do webapps do tomcat ate ai tudo certo o problema quando eu inicializo o servidor ou aciono a opção publish do tomcat ele elimina todos os arquivos gerados pelo flex sabem porque?
Valeu
No meu casso apontei o output folder para a pasta WebContent do meu projeto e o deploy passou a ocorrer normalmente
Agradeço a todos que me ajudaram a solucionar este problema, Thank you