sim… sem problemas, e normalmente isso acontece mesmo… inclusive comumente são mapeados como entidades nos ORMs da vida, se referenciando a um objeto e não ao id dele nos casos de chave estrangeira.
por exemplo, ao se mapear uma tabela de Pessoa, e uma tabela para endereço, supondo que uma pessoa tem um endereço no banco de dados, na classe pessoa vai ter um Endereco endereco e não um int idEndereco…