Desculpem a demora para responder. Mas a dúvida, finalmente, foi resolvida!
Muito obrigado pelas dicas.
Com base em suas dicas, descobri várias coisas interessantes, que gostaria de compartilhar com o pessoal do fórum.
De fato, há soluções eficazes de banco de dados relacionais para aplicativos como os que pretendo desenvolver. Assim, para aplicativos que irão rodar em desktops, não há necessidade de rodar um servidor MySQL pesadão e complexo, por exemplo.
A dica do SQLite foi ótima. Realmente ele é simples, porém robusto. É um pequeno arquivo que podemos transportar junto com a nossa aplicação. Há drivers JDBC para o SQLite. Tem até sites ensinando a fazer o SQLite ficar embutido em nossa aplicação, como http://www.fonini.net/posts/17-usando-sqlite-com-java. Descobri, inclusive, um editor online que permite criar diagramas ER e depois exportar o resultado como script SQL para o SQLite.
Site do editor: http://sql.toolkit.com.br/
Entretanto, queria algo a mais. Pesquisando mais um pouco, descobri que é possível (já testei e já funcionou) embutir um banco de dados do OpenOffice em nossa aplicação. O processo consiste em extrair do arquivo .odb (arquivo de banco de dados do OpenOffice) os arquivos gerados pela engine de banco de dados do OpenOffice, que é o HSQL. O HSQL é similar ao SQLite: pode ser embutido em nossa aplicação Java. A diferença é que ele é totalmente escrito em Java, e o banco de dados do OpenOffice é baseado nele (interessante, não?). Para habilitar o HSQL em nosso aplicativo, basta baixá-lo e adicioná-lo ao nosso projeto.
Pois bem. Você deve saber que todo arquivo do OpenOffice na verdade é um arquivo compactado. É o caso do arquivo odb, também. Então, extraímos os arquivos pertencentes à pasta database, dentro do arquivo compactado. É a esse arquivo que nosso programa irá se conectar.
Achei isso muito interessante. Podemos modelar o banco de dados no BrOffice e depois usá-lo em nossa aplicação. Podemos até compactar e descompactar o arquivo odb usando código Java.
O site que explica esse processo detalhadamente é o seguinte (em inglês):
http://programmaremobile.blogspot.com/2009/01/java-and-openoffice-base-db-through.html.
Site do HSQLDB:
http://hsqldb.org/
Grato a todos.