Recomendo que sempre que for enviar uma data ao banco de dados, mande junto o formato (com uma função de conversão).
Com isso não será necessário configurar um formato pré-definido antes.
No Mysql, uma função que faz isto é a str_to_date.
De qualquer forma, no Java, dificilmente você precisará se preocupar com isso.
Utilizando o PreparedStatement, você pode utilizar o método setDate, que recebe um java.sql.Date e já executa as conversões necessárias para você.
Arthemus
Uma outra alternativa possivel é você utilizar a classe SimpleDateFormat e já passar um objeto instanciado da classe java.sql.Date. De uma olhada nesse exemplo: