ai você tem que escolher, ou você gera código limpo mas demora um pouco mais para codificar, ou usa a ferramenta e vai ter um código que não é assim digamos… para humanos…rs
se você optar pelo código limpo, é recomendado sempre utilizar algum layout do swing para evitar alguns problemas que você tem quando não usa, nesse caso ja me recomendaram usar o miglayout: ( http://www.miglayout.com/ ) parece ser muito mais facil de trabalhar que outros.
se você prefere usar a ferramenta, mais especificamente o framework de construção das telas, neste caso o matisse, você também poderá com ele mecher em partes importantes específicas do código, por exemplo onde os componentes são criados, colocar algum código para executar antes ou depois disso por exemplo, a unica coisa que não vi uma forma de fazer isso direto no código é o posicionamento dos componentes (aliás eu acharia isso uma péssima idéia). Criar uma aplicação com o matisse e depois querer dar manutenção nela sem o matisse, direto no código é uma péssima ideia também, aconselho a dar manutenção em software feito com o matisse continuando usando o matisse, senão é melhor nem usá-lo. Outro detalhe também, mesmo que você opte por essa opção, ainda recomendo que você estude razoavelmente swing sem o matisse, lembro que quando estava trabalhando com aplicação desktop, as vezes se precisava mecher com algumas coisas que dependiam de conhecimento da api swing do mesmo jeito, mesmo usando o matisse, é bem importante.
editando… uma ultima dica dada a quem está começando, pelo amor de deus, não coloque regra de negócio nas classes de seus frames, existem vários tópicos aqui no guj sobre separação em camadas, inclusive usando swing, de uma pesquisada nisso também.
