Colega,
Para colocar um site no ar, utilizando um banco de dados MySQL, você precisará saber, pelo menos:
JSP
Servlets
Se você for utilizar algum framework para a camada de apresentação, então deverá saber JSF, GWT, ZKOSS e etc.
Se não for utilizar framework para apresentação, então deverá saber HTML, CSS e Javascript, assim você pode montar o layout com HTML e CSS e utilizar javascript quando necessário (por exemplo, quando for validar os campos de um formulário)
Interessante que saiba trabalhar com JQuery, pois este oferece muitos recursos e plugins, que se fossemos fazer na mão com javascript, teríamos que perder muito tempo.
MySql, ou qualquer outro banco de dados que você preferir.
Para você colocar um site no ar, completo, com banco de dados: Apenas precisa saber JSP, Servlets, HTML, CSS, Javascript, MySQL (ou qualquer outro banco) e, diferencialmente, Jquery para o AJAX. Isso é o básico.
Os desenvolvedores citam frameworks para trabalhar com persistencia, como JPA e Hibernate
Também citam frameworks como Spring e Struts
Veja, esses frameworks é para facilitar a vida do desenvolvedor, para desenvolver em menos tempo, muitas das rotinas que você teria que fazer na mão, esses já fazem para você. Então não é necessário utilizar esses frameworks, mas se você souber usa-los, melhor, senão, tudo bem…existem ótimos sites e sistemas desenvolvidos com aquelas característica que citei acima.