[Resolvido]Problemas com o Hibernate

Bom dia Pessoal,
Estou com um problema em uma aplicação que está de deixando doido já. O problema é o seguinte, o sistema consulta por blocos de 100 registros na base e processa esses registros depois que eles são consultados. Na base existem 12 mil registros. Não posso consultar tudo de uma vez pq cada registro tem +/- 1mega, ou seja, sobrecarregaria a memória. O problema é que após processar 5982 registros, o sistema simplesmente para o processamento, não levanta nenhuma exceção e pronto. Ele até insere no log o restante dos registros do bloco, porém não insere nada na base.

Acho que pode sera alguma coisa com o Hibernate. Alguém tem uma sugestão para me ajudar?