O 1º for percorre as linhas da matriz notas[][]
for(int i =0; i<notas.length;i++)
Inicialização de uma variavel que supostamente ira armazenar o valor da media
Obs: declara ela fora do for
O 2º for ira percorrer a coluna da matriz notas
for(int j=0; j<notas[i].length; j++)
Aqui a variavel media ira receber o valor de notas na posição linha i coluna j da matriz notas e somar com as outras posições onde a linha é igual mas a coluna varia
media = media + notas[i][j];
Aqui a variavel media que ja armazenou todos os valores de uma mesma linha calcula a media dos valores daquela linha e guarda na propria variavel media
media = media/notas[i].length;
O valor calculado anteriormente aqui é mostrado na tela para o usuario onde cada linha é uma disciplina
System.out.printf("Disciplina %d=%f \n", i, media);
Espero que seja isso que vc estava querendo