Rodar Aplicações via WEB

Para cada aplicação, consulte sua documentação para ver se isso é possível . Algumas aplicações permitem esse tipo de coisa, mas são relativamente poucas.

Isso você pode fazer com java usando o JEE.
Tudo vai depender muito do que você quer e como vai ser sua aplicação.

Vamos supor aqui que eu queira rodar o Emule pelo meu website, sem que o usuário precise instalar ele em sua maquina. Qual seria o procedimento ?

Tenho uma leve imprensão que você está pulando etapas em seus estudos…

Mas vamos lá… Qual a sua dúvida explicitamente ??? Diga o que você quer fazer…

O Emule tem uma aplicação Desktop que o gerencia… se queres colocar ele pra rodar no Browser, terias que pegar toda a aplicação e alterar a forma como ela é exibida, ou seja, a aplicação iria para um Browser na WEB… Só que isso eu to sendo simplista demais… Pois acho difícil uma aplicação com a arquitetura do Emule, rodar na WEB sem ter que mexer em MUUUUITAAAAAA coisa…

Um exemplo de Serviços de Desktop que rodam na Web são os Messenger… podes dar uma olhada http://www.ebuddy.com que roda um MSN, GTalk, etc… na Web direto, sem precisar instalar nada… Agora perceba… Não é a mesma tela do Messenger, é só a mesma conta e mesmo protocolo de comunicação…

Abs [] e bons estudos…

Concerteza eu não estou sendo claro na minha dúvida, me desculpem por isso, vou tentar ser mais claro.
Vamos supor que tenho o Emule instalado na minha maquina (servidor), e o cliente acesse meu website (suponha uma INTRANET apenas) e ele executa este aplicativo (emule no caso) via browser, sendo que ele só esta instalado no servidor.

É como o adriano_si falou.
Ele não foi feito para rodar assim.
Você terá que provavelmente mexer em muita coisa.
Se vários usuários usarem você vai ter que pensar em concorrência etc.