E aee galera!!
Segue meu código e abaixo a dúvida:
Runtime.getRuntime().exec("cmd /c javac caminho\\MinhaClasse.java");
O que está acontecendo é que somente algumas classes do mesmo projeto compilam atravez deste código e outras não. Já tentei alterar a ordem colocando por últimos as que dependem de outras mas nada. Quando compilo pelo console rola tranquilo.
OBS: não aparece erro nenhum, simplesmente não gera o .class de algumas classes.
Alguém sabe pq??
Valeu!!