Salvar .java em uma pasta diferente usando NetBeans

Crie o projeto no diretório desejado.

Eu quero APENAS os arquivos .java em uma determinada pasta, e não todas aqueles arquivos que o Netbeans gera(incluindo .class)

Ah, você quer as coisas separadas do seu jeito; é que ele costuma supor que as coisas estão em uma determinada estrutura (por exemplo, o fonte no diretório src, os binários no diretório bin, os jars gerados no diretório dist etc.) Aí talvez você tenha de fuçar um pouco, porque normalmente o Netbeans supõe que as coisas estão dentro de um projeto dessa maneira.