Não haveria uma morte do Windows, muito menos do .Net. Em caso de falência da Microsoft, as pessoas simplesmente usariam a última versão disponível por um bom tempo.
Como evidência, lembre-se que muita gente usa o Windows XP porque considera o Windows mais recente ruim, e provavelmente continuariam a usar XP se não houvesse mais Microsoft ou o suporte dela. Outra é a linguagem VB6. Tem muito software por aí sendo mantido (e até criado) com essa linguagem, mesmo a Microsoft tendo descontinuado essa linguagem em favor de um outro VB mais alinhado com o .Net.
Haveria a possibilidade do .Net virar open source? Difícil, nem tudo nessa plataforma é aberto (a linguagem C# é especificado pela ECMA) e o ecossistema livre em torno dela, ao contrário do Java, é escasso. Provavelmente, haveria um congelamento de inovações até que uma Novell da vida tomasse às redeas.
P.S.: Ah sim, eu acredito que o mundo open source poderia cuidar do .Net ou do Java, se as licenças fossem bem generosas. Esse negócio de dizer que só há inovação “quando há uma empresa grande por trás” é fruto da alienação provocada pelo sistema taylorista-fordista de produção. É como se as pessoas pensassem: “Puxa, mas o open source só tem funcionários de linha de produção! Sem um supervisor que controle a esteira, isso nunca vai funcionar!”