Seguranca em Aplicacao Java

Tanto é válido que é prática comum, pelo o que eu conheço.
Sobre segurança, muitas empresas restrigem o acesso a estas atualizações a determinadas pessoas.

Vamos supor que você faça a correção deste jar e necessite que o mesmo seja atualizado, ao invés de você ir diretamente ao servidor e fazer isso, deve enviar a outra pessoa para que faça isso.
Nunca ouvi falar de guardar Hash para uma situação deste tipo, só se de alguma forma você faz isso em algum .class seu.

Abraços.

Legal

Isso significa que eu posso alterar completamente uma lib mas a unica restrição eh manter a mesma interface de acesso.
Estava imaginando que talvez os .class guardassem um hash com a Lib que ele utilizou durante a compilação.

Não, ele não faz isso.

Somente como eu comentei, se você criar alguma classe que de algum modo exerça esta função.
Com certeza, mantendo a mesma estrutura não haverá problemas referentes a atualização, caso altere algo na estrutura, que seja em todas as classes correspondentes.

Abraços.