segurança no código

Olá galera, eu tenho um pequeno problema, eu gostaria de saber se tem como eu bloquear o acesso de pessoas não autorizadas a pasta do sistema que desenvolvi, bom, preciso disso por dois motivos
1- Para evitar que o usuário faça alguma bobeira (deletar, alterar ou quelquer outra coisa)
2- Para poder dar proteção contra possiveis plágios do sistema
eu ja ouvi falar de um plugin, se não me engando do eclipse, que embaralha o código se alguem souber me explicar algo sobre ele tb ta valendo, há e eu pensei em uma solução digamos… “simples” que seria colocar senha na pasta do tomcat ou do sistema mas aí vem a dúvida como o tomcat vai acessa-lo? valew!!!