Aí Luis tem um exemplo bem simples, que na verdade não encripa arquivos, e sim cria e depois le o arquivo.
Ou seja onde o arquivo é criado você colocaria seu método para encriptar e onde ele le o arquivo voce coloca o método que desencripta.
classe que encripta
packageseguranca;importjava.io.BufferedWriter;importjava.io.FileWriter;publicclassEncripta{publicvoidencriptar(Stringnome){try{BufferedWriterout=newBufferedWriter(newFileWriter("c:\\exportado\\"+nome+".txt"));for(inti=0;i<10;i++)//cria o arquivoout.write("criandoarquivotexto:Linha"+i+"\n");out.close();}catch(Exceptione){System.out.println("ErroEscrevendoArquivo");}}}
classe que desencripta
packageseguranca;importjava.io.BufferedReader;importjava.io.FileReader;publicclassDesencripta{publicvoiddesemcriptar(Stringnome){try{FileReaderfi=newFileReader("c:\\exportado\\"+nome+".txt");BufferedReaderin=newBufferedReader(fi);for(inti=0;i<10;i++)//le o arquivoSystem.out.println(in.readLine());in.close();}catch(Exceptione){System.out.println("ErroLendoArquivo");}}}
classe principal que manda criar e depois ler o arquivo
packageseguranca;publicclassRodar{publicstaticvoidmain(String[]args){Encriptaenc=newEncripta();Desencriptades=newDesencripta();enc.encriptar("teste");//cria o arquivodes.desemcriptar("teste");//le o arquivo}}