Separar es escrever em ficheiros txt encriptados

Programação Java
#1

Estou a tentar manipular um ficheiro encriptado, tenho de ordena-lo por linhas com 126 caracteres, isso já consigo fazer, mas tambem necessito escrever dentro de cada uma das linhas um código e ai não estou a conseguir fazer já que necessito escrever em todas as linhas a seguir ao terceiro caracter, e não consigo criar nenhuma função que leia o ficheiro encriptado sem se baralhar.
O codigo que ordena o ficheiro com as linhas identicas é o que segue.
Alguem tem alguma solução para isto? Obrigado

[code]import java.io.*;

class Copy {
public static void main(String[] args) throws IOException {
File inputFile = new File("PS1.txt");
File outputFile = new File("out.txt");

  FileReader in = new FileReader(inputFile); 
  FileWriter out = new FileWriter(outputFile); 

  int c; 
  int conta = 0; 

  while ((c = in.read()) != -1){ 
      out.write(c); 
      conta++; 

      if((conta%126)==0){ 
      out.write(System.getProperty("line.separator")); 
    } 

  } 

  i   n.close(); 
  out.close();

}
}[/code]
[size=“11”][color=“red”]* Editado: Lembre-se de utilizar BBCode em seus códigos - Ratinho[/color][/size] :joia:

#2

num deu pra mim entender direito o q vc quer… mas veja se a classe RandomAccessFile resolve o seu problema

#3