Sequência de execução

Ola pessoal.

Estou com a seguinte duvida: Na tela de login desenvolvida com (primefaces + jsf) , o botão “entrar” chama o método #{autenticaBean.logarSistema()}, só que a primeira coisa que é disparada no lodo do java é o método doFilter da classe que controla o acesso ao sistema. Depois que ele passar por este método doFilter, é que o método disparado pelo botão é chamado, fazendo as devidas validações e novamente chamando o doFilter.

Eu pensava que a sequência de execução era primeiro o método logarSistema() para depois ele ir para o doFilter

Se alguém poder ajudar agradeçõ.

Não.
Todo filtro devidamente registrado será executado antes da execução de qualquer método do managed bean em questão.