Servlets+jar+proguard =?

Olá pessoal, embora eu seja iniciante em java acredito que devoo postar aqui uma pergunta como essa…
seguinte, desenvolvi um programa java - sql - servlet…
o programa nao tem uma classe main, ele eh todo executado via servlet.

no programa, alem das classes do proprio, tambem uso classes da api java.lang, java.io, javax.servlet, etc…
e alem dessas tamem uso de uma pasta chamada plugin (que encontra-se fora do diretorio e do projeto porem importo-as).

Meu objetivo: OBFUSCATOR
Minhas duvidas: COMO?

instalei o proguard… no caso ele recomenda passar o projeto todo pra jar, ou zip… nao conheco muito de jars…
Enfim,o que eu teria que jogar dentro da jar? os plugins, as classes, em diretorios diferentes?quais? ou tenho que fazer 2 jars separadas?
eh possivel usar proguard com o tomcat?
quando tentei dar um proguard num zip apenas do diretorio das classes do programa (sem plugin), ele deu warning ateh sobre aclasse java.lang…

alguem pode meajudar por favor?

Opa blz…

De uma olhada nesse link, tem uma explicação o sobre funcionamento relacionado.

http://www.argonavis.com.br/cursos/java/j100/java_08.pdf

falow