Estou começando estudar EJB agora, ja consegui entender o seu fncionamento bem, agora queria fazer algo um pouco mais complexo como utilizar um SessionBean com Hibernate, lendo a documentação do hibernate descobri a opção de fazer um bind do SessionFactory para o JNDI, agora a minha duvida é, como faço para quando instalar meu ear esse SessionFactory esteja disponivel para meus SessionBeans?
Isso vai depender do seu servidor de aplicações.
Jboss, mas eu gostaria de fazer algo o mais independente do AS possível
Você pode usar o MBean do Hibernate e configurá-lo no JBoss 3.2.x. No JBoss 4.x (e talvez nas últimas versões do 3.2.x) existe uma forma de deployment nativa, o .har. Dê uma olhada na documentação do JBoss e do Hibernate para decidir que forma você quer usar.