Alguem sabe algum modo de setar o JFrame como Modal(O Frame não pode ser sobreposto por outra tela do sistema enquanto estiver aberto)?
É porque você está usando dois JFrames, chamando um na frente do outro, o ideal seria usar o JDialog, que já tem a opção de setar o Modal.
Mas caso não queria mudar, tem essa opção aqui:
Com JDialog:
Pelo menos no meu ponto de vista, o JFrame será sempre a janela principal, e as demais serão JDialog. Acho que essa idéia do JFrame ser única e principal
é justamente uma maneira de ter organização no desenvolvimento. Pode ser que eu esteja errado.
Deixando claro: Não existe maneira de deixar um JFrame modal. Já pesquisei extensivamente sobre esse assunto, e nem a base de xunxo vai.
A única opção de janela modal é mesmo o JDialog, como os colegas já disseram.