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Alo Pessoal
Gostava de saber se tem como criar um Setup para aplicação Java que leve com ele dependências? tipo por exemplo se o computador onde irá se instalar o aplicativo não tiver por exemplo o JDK que o setup instale logo o JDK.
O mesmo também deveria ser valido a banco de dados, se a aplicação necessita de um banco de dados MySQL por exemplo instalado no sistema que ele instale automaticamente atravez do Setup
Use o Inno Setup para criar o instalador. É importante que o instalador crie um shortcut para seu programa e esse shortcut irá chamar o Jar da aplicação passando os parâmetros adequados (como alterar classpath corretamente, setar a quantidade de memória que a JVM pode usar etc.).
Com o Inno Setup você consegue verificar se o usuário já tem o MySQL instalado e caso não tenha ele efetua a instalação do mesmo.
Recomendo que use em conjunto o IS Tools. Ele permite construir os scripts do Inno Setup através de um wizard, é bem prático.
Em um projeto tive que criar um instalador bem completo, e com inúmeras verificações de dependências e sistemas operacionais,usava o gerador de Setup InstallShield.
Com ele existe vários Pre Requisites para selecionar e instalar, assim também como você criar seu próprio pré requisito, fazendo verificação de registro do Windows, verificação de sistema operacional, parametros /q Silent, Download via Internet do pré requisito, etc.
Então respondendo de forma fácil sua pergunta, sim, existe sim como colocar inumeras dependências.
Se por algum acaso a sua ferramenta, ou a do seu trabalho for a que citei, é dessa forma que falei acima, se houver alguma dúvida, pode entrar em contato comigo.
Att
Rodrigo Cezar.
O InstallShield não é pago ?
Vou tentar ver isso e depois digo vos algo
Eu já postei uma solução dessas aqui no forum…
Mas era algo mais simples… cria o .exe e ao executar fazia download do java caso nao tivesse
instalado 
usei o JSmooth
mas mesmo assim nao era um instalador, pq as dependencias deveriam ficar /lib
mas pode criar o .exe com as dependencias e depois usar outro sistema para simular a ‘instalação’
desse .exe 
abraço
Estou a tentar aplicar as soluções aqui propostas … é possivel também criar um Script de criação de Base de dados com esse sistema ai… tipo para além de instalar o MYSQL ele também criar uma base de dados com tabelas, etc ?
acho que não…
Mas faça isso via software…
se ussar hibernate nao precisa se preocupar com isso né