Sistema de Ponto

Ola,

Deixa ver se entendi:
Vc quer fazer um programa em java para controlar o ponto, e este programa terá que importar arquivos TXT que foram gerados por um programa em cobol??? se for isto dá sim, é tranquilo.

entendo, existe algum metodo especifico?

eu iria montar em linguagem C mais sei lá a firma quer fugir do uso de sistemas console, e o nosso sistema será padrão web.

Não entendi muito bem a sua pergunta, mas se for o caso de você possuir uma aplicação em Cobol e quiser se comunicar com outra aplicação que no caso seria uma aplicação em Java Web, poderia utilizar CORBA sem problemas.