Alguma ideia de onde começar ? (sou iniciante)
Você já pesquisou alguma coisa a respeito?
A ideia geral é que você usa um SDK (software development kit, basicamente umas bibliotecas) para se comunicar com o leitor. Uma vez conectado a ele, você pode efetuar a leitura de uma digital, e armazena esse resultado (um conjunto de bytes) num banco de dados.
Você pode então, ainda usando o SDK, comparar as digitais já lidas com novas leituras, com diferentes graus de definição. O resultado é basicamente um “true ou false” dizendo se a leitura atual bate com o que foi armazenado anteriormente.
Maioria dos SDK vem com exemplos para diversas linguagens.
Abraço.