Software para Documentação do Sistema

Galera!! Blz!!
Gostaria de saber de você se existe algum software para fazer documentações do sistema…algo que deixe a parte da documentação do sistema rápido. Sei que a documentação é importantissímo, mas se tivermos um software (de preferência free) que facilita essa parte, seria melhor!
Alguém conhece um software que faz o proposto acima?

Abraços
Rodrigo

Que tipo de documentação?

Para código há o Javadoc.

Para usuário há o Javahelp, porém apenas para aplicação desktop.

O spring e o hibernate por exemplo usam DocBook
http://static.springsource.org/spring/docs/2.5.x/reference/index.html
http://docs.jboss.org/hibernate/stable/core/reference/en/html/