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Pessoal,
vou começar um projeto e optei pelo spring como controller e fiquei em dúvida no que usar para persistência.
Já conheço EJB3, mas tabém já escutei falar muito bem sobre a integração SPRING + HIBERNATE;
comecei a estudar spring e gostei bastante mesmo, mas e ai o que faço ? rs 
Alguma idéia??
ab’s[]
Eu começaria com HIBERNATE + SPRING, alias o projeto que comecei a fazer estou usando HIBERNATE depois colocarei SPRING E WICKET, EJB3 é usado para projetos distribuidos e são poucos os casos. Acredito HIBERNATE + SPRING é mais comum de se encotrar ou de aplicar
Justamente isto, acredito que esse sistema necessitará ser distribuido. Então porque não deixar ele preparado.
Já que a migração futura, vai ser mais custosa a troca de Hibernate p/ EJB3;
Ab’s[]
o que hibernate tem com vc usar EJB ou não para publicar seus componentes?
Utilize o JPA para acessar sua camada de persistencia(hibernate) e seja feliz…
Utilize JPA, podendo ser a implementação do Hibernate.
Estude também o módulo sobre o controle transacional do Spring. Você consegue fazer uma dobradinha muito boa com Spring + Hibernate 
E claro, não deixe de usar e abusar do IoC do Spring, deixe sempre suas camadas sem acoplamento