SQL e Java

A melhor maneira, já que você está começando é esquecer que existe Hibernate, JDO, OJB e outras coisas. Use JDBC (java.sql) para aprender o básico e seja feliz.
http://java.sun.com/docs/books/tutorial/jdbc/index.html
http://guj.com.br/servlet/guj?PARSE=true&MAMUTE_ACTION=br.com.guj.action.ListTutorial&MAMUTE_TEMPLATE=ShowTutorial&LIST_TUTORIAL=single&TutorialId=7&PAGE=1

Ola gustavo

Eu particularmente gosto de usar uma camada de persistência, no caso o hibernate. Mas dá paa utilizar os jeitos que você citou: como XML, java no código e etc.
Antes de conhecer camada de persistência, eu usava o SQL no meio do código, aparentemente parece mais simples, mas se você precisar fazer uma mudança em uma query por exemplo, você terá que recompilar todo o código, além de que, se você for mudar de Database, vai ter que mudar algumas coisas internas também.
Depois eu parti para o que você chamou de arquivo texto, na verdade é um objeto de persistência controlado pela Collection Properties (aqui no guj tem um tutorial bem simples e interessante sobre Properties). A vantagem é que se você precisar fazer alguma alteração de query (inclusive se você estiver no seu cliente), não precisa recompilar o código, e a maior desvantagem no meu ponto de vista, é quando você cria uma query muito grande, fica tudo em uma única linha, fica dificil a visualização e compreensão do SQL.
Sobre arquivos xml eu nunca usei, mas me parece uma boa prática.
O Lance é você testar todos (principalmente camada de persistência como Hibernate, JDO) ae qual resolver o seu problema e você achar a mais produtiva, comece a usa-la.

Espero ter ajudado

Junior